理論上說(shuō)，政府拍賣(mài)配額后的收入有以下幾種處理方法：

一、通過(guò)某種方式返還競(jìng)賣(mài)方。政府可以將拍賣(mài)所得設(shè)立基金，支持競(jìng)賣(mài)方有利于產(chǎn)生應(yīng)對(duì)氣候變化效益的產(chǎn)業(yè)活動(dòng)。例如成立有關(guān)的減排技術(shù)資助項(xiàng)目，企業(yè)進(jìn)行有關(guān)的減排技術(shù)改造可以申請(qǐng)補(bǔ)貼。

二、減少某種特定稅種的稅率。根據(jù)“稅收中性”原則，政府在增加一個(gè)新稅種的同時(shí)，應(yīng)該減輕已有稅種的稅率，保持企業(yè)總體負(fù)擔(dān)不變。雖然企業(yè)參與配額拍賣(mài)與納稅不同，但政府若每年都要求企業(yè)參與拍賣(mài)或定價(jià)購(gòu)買(mǎi)配額，那從實(shí)際效果上同樣是增加了企業(yè)的負(fù)擔(dān)。因此減少企業(yè)其他稅種方面的稅率也是一個(gè)增加企業(yè)接受程度的辦法。

三、放入政府一般性收入中。如果通過(guò)減少其他稅種稅率等方式減少企業(yè)負(fù)擔(dān)，則會(huì)造成政府收入減少，可以將拍賣(mài)納入政府財(cái)政中予以補(bǔ)充。但如果沒(méi)有其他返還或者企業(yè)減負(fù)的途徑，直接納入到政府的一般性收入中，則容易引起爭(zhēng)議。

四、返還消費(fèi)者。企業(yè)在付出金錢(qián)購(gòu)買(mǎi)配額后，往往會(huì)通過(guò)提價(jià)等方式從消費(fèi)者手中收回成本。政府可以設(shè)計(jì)特殊的規(guī)則，將拍賣(mài)所得補(bǔ)貼到消費(fèi)者身上，減少消費(fèi)者的負(fù)擔(dān)。

五、投入其他低碳減排項(xiàng)目。政府可以建立專(zhuān)項(xiàng)基金，支持有利于加強(qiáng)應(yīng)對(duì)氣候變化能力建設(shè)和提高公眾應(yīng)對(duì)氣候變化意識(shí)的相關(guān)活動(dòng)?；蚧鹜ㄟ^(guò)有償使用方式支持有利于產(chǎn)生應(yīng)對(duì)氣候變化效益的產(chǎn)業(yè)以及金融活動(dòng)。