由于歷史原因，我國(guó)電力市場(chǎng)和碳市場(chǎng)相對(duì)獨(dú)立運(yùn)行，分別由不同的國(guó)家部委負(fù)責(zé)建設(shè)，有不同的交易平臺(tái)，在電力行業(yè)內(nèi)部往往歸屬不同業(yè)務(wù)部門(mén)管理，這就造成頂層設(shè)計(jì)時(shí)尚未統(tǒng)籌考慮其關(guān)聯(lián)性、缺乏有效協(xié)同，導(dǎo)致市場(chǎng)功能重復(fù)、作用發(fā)揮不充分、覆蓋范圍有限、管理成本過(guò)高等一系列問(wèn)題，一定程度上制約了電力市場(chǎng)和碳市場(chǎng)的健康、可持續(xù)發(fā)展。主要表現(xiàn)在：

一是市場(chǎng)功能存在重復(fù)與交叉。電力市場(chǎng)和碳市場(chǎng)均通過(guò)不同機(jī)制促進(jìn)電力行業(yè)向更加清潔、高效和低碳的方向發(fā)展。電力市場(chǎng)中的可再生能源超額消納量交易、綠證交易、清潔能源補(bǔ)貼等，與碳市場(chǎng)中的碳配額、碳交易等政策性減排功能高度重復(fù)與交叉，大量的政策并非是一個(gè)統(tǒng)一規(guī)劃下的有序整體，而是應(yīng)時(shí)而為的獨(dú)立個(gè)體。

二是作用發(fā)揮不充分、不到位。電力市場(chǎng)和碳市場(chǎng)均僅局限于一定區(qū)域、一定品種的交易，跨省跨區(qū)交易存在交易產(chǎn)品單一、市場(chǎng)流動(dòng)性不足等壁壘。市場(chǎng)大范圍資源優(yōu)化配置、豐富產(chǎn)品供給、激發(fā)市場(chǎng)主體活力等優(yōu)勢(shì)無(wú)法充分發(fā)揮，導(dǎo)致市場(chǎng)缺乏活力和吸引力。

三是市場(chǎng)覆蓋范圍有限。電力市場(chǎng)中經(jīng)營(yíng)性電力用戶(hù)發(fā)用電計(jì)劃尚未全面放開(kāi)，市場(chǎng)化交易電量占比還有提升空間，未能實(shí)現(xiàn)電力資源的最優(yōu)化配置。碳市場(chǎng)主要管控電力行業(yè)及少部分工業(yè)部門(mén)的碳排放，交通、建筑等能源全產(chǎn)業(yè)鏈的相關(guān)行業(yè)未有效納入管控范圍，未能實(shí)現(xiàn)最大化降低碳排放。

四是經(jīng)營(yíng)成本過(guò)高。電力市場(chǎng)和碳市場(chǎng)的交易、監(jiān)管等機(jī)構(gòu)大多獨(dú)立運(yùn)作，給交易履約帶來(lái)一定的管理成本。從碳市場(chǎng)試點(diǎn)經(jīng)驗(yàn)看，總體上對(duì)于發(fā)電行業(yè)控排企業(yè)的配額分配趨于嚴(yán)格，配額指標(biāo)逐年縮減，發(fā)電行業(yè)控排企業(yè)目前均以購(gòu)買(mǎi)配額或核證減排量(Certified Emission Reduction，CER)的方式履約，碳履約成本逐年遞增。